O Programa Científico Laguna San Ignacio (LSIESP) investiga o estado ecolóxico da lagoa e os seus recursos mariños vivos, e proporciona información científica que é relevante para cuestións e preocupacións sobre a xestión dos recursos sobre o desenvolvemento, o ecoturismo e a sustentabilidade do ecosistema da lagoa. un hábitat viable para a fauna mariña. O programa monitoriza as baleas grises que visitan a lagoa cada inverno, a lagoa e a súa vida salvaxe como todo un sistema interrelacionado. A LSIESP fomenta a concienciación social, a educación e a participación comunitaria na conservación desta área mariña protexida, promove actividades humanas e alternativas que estean en equilibrio cos compoñentes naturais da rexión e que recoñezan as necesidades da comunidade local.
O programa ofrece aos estudantes de posgrao oportunidades para participar na investigación aplicada sobre a vida salvaxe e para aprender habilidades que lles servirán na súa carreira como científicos da conservación da vida salvaxe. Segundo o caso, o programa forma asociacións e colaboracións con outros grupos e organizacións de conservación e xestión da vida silvestre que investigan varios aspectos da área mariña protexida da Laguna San Ignacio. Os investigadores do LSIESP ofrecen presentacións na aula nas escolas locais e actividades de aprendizaxe "prácticas" dirixidas por investigadores do LSIESP sobre a vida salvaxe da lagoa e a súa importancia como recurso costeiro para a vida mariña e a economía local. Este programa de divulgación educativa fortalece a conciencia dos estudantes sobre a necesidade de conservar a Laguna San Ignacio e os seus recursos mariños vivos para as xeracións futuras.
Os investigadores da LSIESP acollen obradoiros comunitarios anuais ("Reunións") para revisar os descubrimentos científicos e ofrecer un foro público para o intercambio de información sobre a lagoa e as actividades humanas que a afectan. Os participantes do obradoiro inclúen expertos na materia, representantes de axencias reguladoras gobernamentais, operadores de ecoturismo, residentes locais, organizacións ambientais non gobernamentais, estudantes e instrutores de escolas locais e público interesado. Os resultados do programa distribúense a través do sitio web de Internet (www.lsiecosystem.org), en artigos publicados revisados por pares, nos medios locais, en reunións científicas profesionais e en publicacións locais.