Het Laguna San Ignacio Science Program (LSIESP) onderzoekt de ecologische status van de lagune en zijn levende mariene hulpbronnen, en levert op wetenschap gebaseerde informatie die relevant is voor vragen over hulpbronnenbeheer en zorgen over ontwikkeling, ecotoerisme en de duurzaamheid van het lagune-ecosysteem als levensvatbaar leefgebied voor zeedieren. Het programma volgt de grijze walvissen die de lagune elke winter bezoeken, de lagune en de dieren in het wild als een geheel onderling gerelateerd systeem. LIESP moedigt sociaal bewustzijn, onderwijs en gemeenschapsparticipatie aan bij het behoud van dit beschermde mariene gebied, bevordert menselijke activiteiten en alternatieven die in evenwicht zijn met de natuurlijke componenten van de regio en die de behoeften van de lokale gemeenschap erkennen.
Het programma biedt afgestudeerde studenten de mogelijkheid om deel te nemen aan toegepast veldonderzoek naar wilde dieren en om vaardigheden te leren die hen van pas zullen komen in hun carrière als wetenschappers op het gebied van natuurbehoud. Waar van toepassing vormt het programma partnerschappen en samenwerkingsverbanden met andere natuurbeschermings- en natuurbeheergroepen en organisaties die verschillende aspecten van het beschermde mariene gebied Laguna San Ignacio onderzoeken. LIESP-onderzoekers geven klassikale presentaties op lokale scholen en praktijkgerichte leeractiviteiten geleid door LIESP-onderzoekers over de fauna van de lagune en de betekenis ervan als kustbron voor het zeeleven en de lokale economie. Dit educatieve outreach-programma versterkt het bewustzijn van de studenten van de noodzaak om Laguna San Ignacio en zijn levende mariene hulpbronnen te behouden voor toekomstige generaties.
LIESP-onderzoekers organiseren jaarlijkse gemeenschapsworkshops ("Reünies") om wetenschappelijke bevindingen te beoordelen en een openbaar forum te bieden voor de uitwisseling van informatie over de lagune en menselijke activiteiten die erop van invloed zijn. De deelnemers aan de workshop zijn vakexperts, vertegenwoordigers van regelgevende overheidsinstanties, exploitanten van ecotoerisme, lokale bewoners, niet-gouvernementele milieuorganisaties, studenten en instructeurs van lokale scholen en geïnteresseerd publiek. De bevindingen van het programma worden verspreid via de internetwebsite (www.lsiecosystem.org), in door vakgenoten beoordeelde gepubliceerde artikelen, in de lokale media, op professionele wetenschappelijke bijeenkomsten en in lokale publicaties.