Научната програма Laguna San Ignacio (LSIESP) изследва екологичното състояние на лагуната и нейните живи морски ресурси и предоставя научнообоснована информация, която е от значение за въпросите за управление на ресурсите и опасенията относно развитието, екотуризма и устойчивостта на екосистемата на лагуната като жизнеспособно местообитание за морски диви животни. Програмата наблюдава сивите китове, които посещават лагуната всяка зима, лагуната и нейните диви животни като цялостна взаимосвързана система. LSIESP насърчава социалното съзнание, образованието и участието на общността в опазването на тази морска защитена зона, насърчава човешки дейности и алтернативи, които са в баланс с природните компоненти на региона и които признават нуждите на местната общност.
Програмата предоставя на завършилите студенти възможности да участват в приложни теренни изследвания на дивата природа и да научат умения, които ще им служат в кариерата им като учени по опазване на дивата природа. Когато е уместно, програмата формира партньорства и сътрудничество с други групи и организации за опазване и управление на дивата природа, които изследват различни аспекти на морската защитена зона Laguna San Ignacio. Изследователите на LSIESP предоставят презентации в класната стая в местните училища и „практически“ учебни дейности, водени от изследователи на LSIESP за дивата природа на лагуната и нейното значение като крайбрежен ресурс за морския живот и местната икономика. Тази образователна програма засилва осведомеността на учениците за необходимостта от опазване на Laguna San Ignacio и нейните живи морски ресурси за бъдещите поколения.
Изследователите на LSIESP са домакини на годишни семинари на общността („Реюниони“), за да прегледат научните открития и да осигурят публичен форум за обмен на информация за лагуната и човешките дейности, които я засягат. Участниците в семинара включват експерти по предмети, представители на държавни регулаторни агенции, оператори на екотуризъм, местни жители, неправителствени екологични организации, ученици и преподаватели от местни училища и заинтересована общественост. Резултатите от програмата се разпространяват чрез интернет уебсайта (www.lsiecosystem.org), в рецензирани публикувани статии, в местните медии, на професионални научни срещи и в местни публикации.