Naučni program Laguna San Ignacio (LSIESP) istražuje ekološki status lagune i njenih živih morskih resursa, te pruža naučne informacije koje su relevantne za pitanja upravljanja resursima i zabrinutost oko razvoja, eko-turizma i održivosti ekosistema lagune kao održivo stanište za morske divlje životinje. Program prati sive kitove koji svake zime posjećuju lagunu, lagunu i njenu divljinu kao cijeli međusobno povezani sistem. LSIESP podstiče društvenu svijest, obrazovanje i učešće zajednice u očuvanju ovog zaštićenog morskog područja, promovira ljudske aktivnosti i alternative koje su u ravnoteži sa prirodnim komponentama regije i koje prepoznaju potrebe lokalne zajednice.
Program pruža diplomiranim studentima priliku da učestvuju u primijenjenim terenskim istraživanjima divljih životinja i da nauče vještine koje će im poslužiti u karijeri kao naučnici za očuvanje divljih životinja. Prema potrebi, program formira partnerstva i saradnju s drugim grupama i organizacijama za očuvanje i upravljanje divljim životinjama koje istražuju različite aspekte zaštićenog morskog područja Laguna San Ignacio. LSIESP istraživači pružaju prezentacije u učionicama u lokalnim školama i „praktične“ aktivnosti učenja koje vode LSIESP istraživači o divljini u laguni i njenom značaju kao obalnom resursu za morski život i lokalnu ekonomiju. Ovaj obrazovni program jača svijest učenika o potrebi očuvanja Lagune San Ignacio i njenih živih morskih resursa za buduće generacije.
Istraživači LSIESP-a održavaju godišnje radionice zajednice („Reunions”) kako bi pregledali naučna otkrića i obezbijedili javni forum za razmjenu informacija o laguni i ljudskim aktivnostima koje na nju utiču. Učesnici radionice su predmetni stručnjaci, predstavnici državnih regulatornih agencija, ekoturističkih operatera, lokalno stanovništvo, nevladine ekološke organizacije, učenici i instruktori iz lokalnih škola, te zainteresirana javnost. Nalazi programa se distribuiraju putem internet stranice (www.lsiecosystem.org), u recenziranim objavljenim člancima, u lokalnim medijima, na stručnim naučnim skupovima iu lokalnim publikacijama.