El Programa de Ciència Laguna San Ignacio (LSIESP) investiga l'estat ecològic de la llacuna i els seus recursos marins vius, i proporciona informació basada en la ciència que és rellevant per a qüestions i preocupacions sobre la gestió dels recursos sobre el desenvolupament, l'ecoturisme i la sostenibilitat de l'ecosistema de la llacuna com a un hàbitat viable per a la fauna marina. El programa fa un seguiment de les balenes grises que visiten la llacuna cada hivern, la llacuna i la seva fauna com un sistema sencer interrelacionat. LSIESP fomenta la conscienciació social, l'educació i la participació comunitària en la conservació d'aquesta àrea marina protegida, promou activitats humanes i alternatives que estiguin en equilibri amb els components naturals de la regió, i que reconeguin les necessitats de la comunitat local.
El programa ofereix als estudiants de postgrau oportunitats de participar en la investigació aplicada de camp de la vida silvestre i d'aprendre habilitats que els serviran en la seva carrera com a científics de conservació de la vida salvatge. Si escau, el programa forma associacions i col·laboracions amb altres grups i organitzacions de conservació i gestió de la vida salvatge que investiguen diversos aspectes de l'àrea marina protegida Laguna San Ignacio. Els investigadors del LSIESP ofereixen presentacions a l'aula a les escoles locals i activitats d'aprenentatge "pràctics" dirigides per investigadors del LSIESP sobre la vida salvatge de la llacuna i la seva importància com a recurs costaner per a la vida marina i l'economia local. Aquest programa de divulgació educativa reforça la consciència dels estudiants sobre la necessitat de conservar la Laguna San Ignacio i els seus recursos marins vius per a les generacions futures.
Els investigadors del LSIESP acullen tallers comunitaris anuals ("Reunions") per revisar les troballes científiques i oferir un fòrum públic per a l'intercanvi d'informació sobre la llacuna i les activitats humanes que l'afecten. Els participants del taller inclouen experts en la matèria, representants d'agències reguladores governamentals, operadors d'ecoturisme, residents locals, organitzacions ambientals no governamentals, estudiants i instructors d'escoles locals i públic interessat. Els resultats del programa es distribueixen a través del lloc web d'Internet (www.lsiecosystem.org), en articles publicats revisats per parells, als mitjans locals, a reunions científiques professionals i a publicacions locals.