Vědecký program Laguna San Ignacio (LSIESP) zkoumá ekologický stav laguny a jejích živých mořských zdrojů a poskytuje vědecky podložené informace, které jsou relevantní pro otázky řízení zdrojů a obavy týkající se rozvoje, ekoturistiky a udržitelnosti ekosystému laguny. životaschopné stanoviště pro mořskou zvěř. Program sleduje šedé velryby, které každou zimu navštíví lagunu, lagunu a její divokou zvěř jako celý vzájemně propojený systém. LSIESP podporuje sociální povědomí, vzdělávání a účast komunity na ochraně této chráněné mořské oblasti, podporuje lidské aktivity a alternativy, které jsou v rovnováze s přírodními složkami regionu a které uznávají potřeby místní komunity.
Program poskytuje postgraduálním studentům příležitosti k účasti na aplikovaném terénním výzkumu volně žijících živočichů a ke studiu dovedností, které jim poslouží v jejich kariéře jako vědců v oblasti ochrany přírody. Program podle potřeby vytváří partnerství a spolupráci s dalšími skupinami a organizacemi na ochranu přírody a volně žijících živočichů, které zkoumají různé aspekty chráněné mořské oblasti Laguna San Ignacio. Výzkumní pracovníci LSIESP poskytují prezentace ve třídách na místních školách a „praktické“ vzdělávací aktivity vedené výzkumníky LSIESP o divoké přírodě v laguně a jejím významu jako pobřežního zdroje pro mořský život a místní ekonomiku. Tento vzdělávací program posiluje povědomí studentů o nutnosti zachovat Lagunu San Ignacio a její živé mořské zdroje pro budoucí generace.
Výzkumní pracovníci LSIESP pořádají každoroční komunitní workshopy („Reunions“), aby zhodnotili vědecké poznatky a poskytli veřejné fórum pro výměnu informací o laguně a lidských aktivitách, které ji ovlivňují. Mezi účastníky workshopu jsou odborníci na dané téma, zástupci vládních regulačních úřadů, provozovatelé ekoturistiky, místní obyvatelé, nevládní ekologické organizace, studenti a instruktoři z místních škol a zainteresovaná veřejnost. Výsledky programu jsou distribuovány prostřednictvím internetových stránek (www.lsiecosystem.org), v recenzovaných publikovaných článcích, v místních médiích, na odborných vědeckých setkáních a v místních publikacích.