Laguna San Ignacio Science Program (LSIESP) undersøger den økologiske status af lagunen og dens levende marine ressourcer og giver videnskabsbaseret information, der er relevant for ressourceforvaltningsspørgsmål og bekymringer om udvikling, økoturisme og lagunens økosystems bæredygtighed som et levedygtigt levested for marine dyreliv. Programmet overvåger de gråhvaler, der besøger lagunen hver vinter, lagunen og dens dyreliv som et helt indbyrdes beslægtet system. LSIESP tilskynder til social bevidsthed, uddannelse og samfundsdeltagelse i bevarelsen af dette beskyttede havområde, fremmer menneskelige aktiviteter og alternativer, der er i balance med de naturlige komponenter i regionen, og som anerkender lokalsamfundets behov.
Programmet giver kandidatstuderende muligheder for at deltage i anvendt dyrelivsfeltforskning og at lære færdigheder, der vil tjene dem i deres karriere som naturbevaringsforskere. Efter behov danner programmet partnerskaber og samarbejder med andre bevarings- og dyrelivsforvaltningsgrupper og -organisationer, der undersøger forskellige aspekter af det beskyttede havområde Laguna San Ignacio. LSIESP-forskere leverer klasseværelsespræsentationer på lokale skoler og "hands on" læringsaktiviteter ledet af LSIESP-forskere om lagunens dyreliv og dens betydning som en kystnær ressource for livet i havet og den lokale økonomi. Dette uddannelsesprogram styrker de studerendes bevidsthed om behovet for at bevare Laguna San Ignacio og dets levende marine ressourcer for fremtidige generationer.
LSIESP-forskere er vært for årlige community-workshops ("Reunions") for at gennemgå videnskabelige resultater og give et offentligt forum for udveksling af information om lagunen og menneskelige aktiviteter, der påvirker den. Deltagerne i workshoppen omfatter fageksperter, repræsentanter for offentlige tilsynsmyndigheder, økoturismeoperatører, lokale beboere, ikke-statslige miljøorganisationer, studerende og instruktører fra lokale skoler og interesseret offentlighed. Programresultater distribueres via internettets websted (www.lsiecosystem.org), i peer-reviewede publicerede artikler, i de lokale medier, ved professionelle videnskabelige møder og i lokale publikationer.