Το Επιστημονικό Πρόγραμμα Laguna San Ignacio (LSIESP) διερευνά την οικολογική κατάσταση της λιμνοθάλασσας και των ζωντανών θαλάσσιων πόρων της και παρέχει πληροφορίες βασισμένες στην επιστήμη που σχετίζονται με ζητήματα διαχείρισης πόρων και ανησυχίες σχετικά με την ανάπτυξη, τον οικοτουρισμό και τη βιωσιμότητα του οικοσυστήματος της λιμνοθάλασσας. βιώσιμο βιότοπο για τη θαλάσσια άγρια ζωή. Το πρόγραμμα παρακολουθεί τις γκρίζες φάλαινες που επισκέπτονται τη λιμνοθάλασσα κάθε χειμώνα, τη λιμνοθάλασσα και την άγρια ζωή της ως ένα ολόκληρο αλληλένδετο σύστημα. Το LSIESP ενθαρρύνει την κοινωνική ευαισθητοποίηση, την εκπαίδευση και τη συμμετοχή της κοινότητας στη διατήρηση αυτής της θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής, προωθεί ανθρώπινες δραστηριότητες και εναλλακτικές λύσεις που είναι σε ισορροπία με τα φυσικά συστατικά της περιοχής και αναγνωρίζουν τις ανάγκες της τοπικής κοινότητας.
Το πρόγραμμα παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές ευκαιρίες να συμμετάσχουν σε εφαρμοσμένη έρευνα πεδίου άγριας ζωής και να μάθουν δεξιότητες που θα τους χρησιμεύσουν στην καριέρα τους ως επιστήμονες διατήρησης της άγριας ζωής. Κατά περίπτωση, το πρόγραμμα σχηματίζει συνεργασίες και συνεργασίες με άλλες ομάδες και οργανισμούς διατήρησης και διαχείρισης άγριας ζωής που ερευνούν διάφορες πτυχές της θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής Laguna San Ignacio. Οι ερευνητές του LSIESP παρέχουν παρουσιάσεις στην τάξη σε τοπικά σχολεία και «πρακτικές» μαθησιακές δραστηριότητες με επικεφαλής τους ερευνητές του LSIESP σχετικά με την άγρια ζωή της λιμνοθάλασσας και τη σημασία της ως παράκτιας πηγής για τη θαλάσσια ζωή και την τοπική οικονομία. Αυτό το εκπαιδευτικό πρόγραμμα ενημέρωσης ενισχύει την επίγνωση των μαθητών για την ανάγκη διατήρησης της Laguna San Ignacio και των ζωντανών θαλάσσιων πόρων της για τις μελλοντικές γενιές.
Οι ερευνητές του LSIESP φιλοξενούν ετήσια κοινοτικά εργαστήρια («Reunions») για την ανασκόπηση των επιστημονικών ευρημάτων και την παροχή ενός δημόσιου φόρουμ για την ανταλλαγή πληροφοριών σχετικά με τη λιμνοθάλασσα και τις ανθρώπινες δραστηριότητες που την επηρεάζουν. Στους συμμετέχοντες του εργαστηρίου περιλαμβάνονται ειδικοί στο θέμα, εκπρόσωποι κυβερνητικών ρυθμιστικών φορέων, φορείς οικοτουρισμού, κάτοικοι της περιοχής, μη κυβερνητικές περιβαλλοντικές οργανώσεις, μαθητές και εκπαιδευτές από τοπικά σχολεία και ενδιαφερόμενο κοινό. Τα ευρήματα του προγράμματος διανέμονται μέσω της ιστοσελίδας του Διαδικτύου (www.lsiecosystem.org), σε δημοσιευμένα άρθρα με αξιολόγηση από ομοτίμους, στα τοπικά μέσα ενημέρωσης, σε επαγγελματικές επιστημονικές συναντήσεις και σε τοπικές δημοσιεύσεις.