Znanstveni program Laguna San Ignacio (LSIESP) istražuje ekološki status lagune i njezinih živih morskih resursa i pruža znanstveno utemeljene informacije koje su relevantne za pitanja upravljanja resursima i brige o razvoju, eko-turizmu i održivosti ekosustava lagune kao održivo stanište za morske divlje životinje. Program prati sive kitove koji posjećuju lagunu svake zime, lagunu i njezin životinjski svijet kao cijeli međusobno povezani sustav. LSIESP potiče društvenu svijest, obrazovanje i sudjelovanje zajednice u očuvanju ovog zaštićenog morskog područja, promiče ljudske aktivnosti i alternative koje su u ravnoteži s prirodnim komponentama regije i koje prepoznaju potrebe lokalne zajednice.
Program studentima diplomskih studija pruža priliku za sudjelovanje u primijenjenim terenskim istraživanjima divljih životinja i učenje vještina koje će im poslužiti u karijeri znanstvenika za očuvanje divljih životinja. Prema potrebi, program stvara partnerstva i suradnju s drugim skupinama i organizacijama za očuvanje i upravljanje divljim životinjama koje istražuju različite aspekte zaštićenog morskog područja Laguna San Ignacio. Istraživači LSIESP-a pružaju prezentacije u učionicama u lokalnim školama i aktivnosti učenja koje vode istraživači LSIESP-a o divljini lagune i njenom značaju kao obalnog resursa za morski život i lokalno gospodarstvo. Ovaj obrazovni program jača svijest učenika o potrebi očuvanja Lagune San Ignacio i njezinih živih morskih resursa za buduće generacije.
Istraživači LSIESP-a organiziraju godišnje radionice u zajednici ("Reunions") kako bi pregledali znanstvena otkrića i osigurali javni forum za razmjenu informacija o laguni i ljudskim aktivnostima koje na nju utječu. Sudionici radionice su predmetni stručnjaci, predstavnici državnih regulatornih agencija, operateri eko-turizma, lokalno stanovništvo, nevladine ekološke organizacije, učenici i nastavnici lokalnih škola te zainteresirana javnost. Nalazi programa distribuiraju se putem internetske stranice (www.lsiecosystem.org), u recenziranim objavljenim člancima, u lokalnim medijima, na stručnim znanstvenim skupovima iu lokalnim publikacijama.