Program Sains Laguna San Ignacio (LSIESP) menyelidiki status ekologis laguna dan sumber daya lautnya yang hidup, dan memberikan informasi berbasis sains yang relevan dengan pertanyaan dan kekhawatiran pengelolaan sumber daya tentang pembangunan, ekowisata, dan keberlanjutan ekosistem laguna sebagai habitat yang layak bagi satwa laut. Program ini memantau paus abu-abu yang mengunjungi laguna setiap musim dingin, laguna, dan satwa liarnya sebagai satu sistem yang saling terkait. LSIESP mendorong kesadaran sosial, pendidikan dan partisipasi masyarakat dalam konservasi kawasan perlindungan laut ini, mempromosikan aktivitas manusia dan alternatif yang seimbang dengan komponen alam kawasan, dan yang mengenali kebutuhan masyarakat setempat.
Program ini memberikan kesempatan kepada mahasiswa pascasarjana untuk berpartisipasi dalam penelitian lapangan satwa liar terapan dan untuk mempelajari keterampilan yang akan membantu mereka dalam karir mereka sebagai ilmuwan konservasi satwa liar. Jika perlu, program membentuk kemitraan dan kolaborasi dengan kelompok dan organisasi konservasi dan pengelolaan satwa liar lainnya yang menyelidiki berbagai aspek kawasan perlindungan laut Laguna San Ignacio. Peneliti LSIESP memberikan presentasi di kelas di sekolah lokal dan kegiatan pembelajaran “langsung” yang dipimpin oleh peneliti LSIESP tentang satwa liar laguna dan signifikansinya sebagai sumber daya pesisir untuk kehidupan laut dan ekonomi lokal. Program penjangkauan pendidikan ini memperkuat kesadaran siswa tentang perlunya melestarikan Laguna San Ignacio dan sumber daya lautnya yang hidup untuk generasi mendatang.
Peneliti LSIESP menyelenggarakan lokakarya komunitas tahunan (“Reuni”) untuk meninjau temuan ilmiah dan menyediakan forum publik untuk pertukaran informasi tentang laguna dan aktivitas manusia yang memengaruhinya. Peserta lokakarya termasuk ahli mata pelajaran, perwakilan dari badan pengatur pemerintah, operator ekowisata, penduduk lokal, organisasi lingkungan non-pemerintah, siswa dan instruktur dari sekolah lokal, dan masyarakat yang tertarik. Temuan-temuan program disebarluaskan melalui situs web internet (www.lsiecosystem.org), dalam artikel-artikel yang diterbitkan dengan tinjauan sejawat, di media lokal, pada pertemuan ilmiah profesional, dan dalam publikasi lokal.