Laguna San Ignacio vísindaáætlunin (LSIESP) rannsakar vistfræðilega stöðu lónsins og lifandi sjávarauðlinda þess og veitir vísindalegar upplýsingar sem skipta máli fyrir spurningar um auðlindastjórnun og áhyggjur af þróun, vistferðamennsku og sjálfbærni vistkerfis lónsins. lífvænlegt búsvæði fyrir dýralíf sjávar. Forritið fylgist með gráhvölunum sem heimsækja lónið á hverjum vetri, lóninu og dýralífi þess sem heilt samtengd kerfi. LSIESP hvetur til félagslegrar vitundar, menntunar og samfélagsþátttöku í verndun þessa sjávarverndarsvæðis, stuðlar að athöfnum manna og valkostum sem eru í jafnvægi við náttúrulega þætti svæðisins og sem viðurkenna þarfir nærsamfélagsins.
Námið veitir framhaldsnemum tækifæri til að taka þátt í hagnýtum rannsóknum á dýralífi og til að læra færni sem mun þjóna þeim á ferli þeirra sem náttúruverndarfræðingar. Eftir því sem við á myndar áætlunin samstarf og samstarf við aðra náttúruverndar- og náttúruverndarhópa og stofnanir sem rannsaka ýmsa þætti Laguna San Ignacio sjávarverndarsvæðisins. Rannsakendur LSIESP bjóða upp á kennslustofukynningar í skólum á staðnum og „hand-on“ námsverkefni undir forystu LSIESP vísindamanna um dýralíf lónsins og mikilvægi þess sem strandauðlind fyrir lífríki sjávar og efnahag á staðnum. Þessi fræðsluáætlun styrkir meðvitund nemenda um nauðsyn þess að vernda Laguna San Ignacio og lifandi sjávarauðlindir þess fyrir komandi kynslóðir.
Rannsakendur LSIESP standa fyrir árlegum samfélagsvinnustofum („Reunions“) til að fara yfir vísindaniðurstöður og veita opinberan vettvang til að skiptast á upplýsingum um lónið og mannlega starfsemi sem hefur áhrif á það. Meðal þátttakenda í vinnustofunni eru sérfræðingar í viðfangsefnum, fulltrúar eftirlitsstofnana ríkisins, rekstraraðilar vistvænna ferðaþjónustu, íbúar á staðnum, félagasamtök um umhverfismál, nemendur og leiðbeinendur frá skólum á staðnum og áhugasamur almenningur. Niðurstöðum dagskrár er dreift í gegnum vefsíðuna (www.lsiecosystem.org), í ritrýndum birtum greinum, í staðbundnum fjölmiðlum, á faglegum vísindafundum og í staðbundnum ritum.