תוכנית המדע של לגונה סן איגנסיו (LSIESP) חוקרת את המצב האקולוגי של הלגונה ומשאביה הימיים החיים, ומספקת מידע מבוסס מדע הרלוונטי לשאלות ודאגות לניהול משאבים לגבי פיתוח, תיירות אקולוגית וקיימות המערכת האקולוגית של הלגונה. בית גידול בר קיימא לחיות בר ימיות. התוכנית עוקבת אחר הלווייתנים האפורים המבקרים בלגונה בכל חורף, הלגונה וחיות הבר שלה כמערכת שלמה הקשורה זה בזה. LSISP מעודדת מודעות חברתית, חינוך והשתתפות קהילתית בשימור אזור מוגן ימי זה, מקדמת פעילויות אנושיות וחלופות המאוזנות עם המרכיבים הטבעיים של האזור, ומכירים בצרכים של הקהילה המקומית.
התוכנית מספקת לסטודנטים לתארים מתקדמים הזדמנויות להשתתף במחקר שדה יישומי של חיות בר וללמוד מיומנויות שישרתו אותם בקריירה שלהם כמדענים לשימור חיות בר. בהתאם למתאים, התוכנית יוצרת שותפויות ושיתופי פעולה עם קבוצות וארגונים אחרים לשימור וחיות בר החוקרים היבטים שונים של האזור הימי המוגן לגונה סן איגנסיו. חוקרי LSIESP מספקים מצגות כיתות בבתי ספר מקומיים ופעילויות למידה "מעשיות" בהנחיית חוקרי LSIESP על חיות הבר של הלגונה ומשמעותה כמשאב חופי עבור החיים הימיים והכלכלה המקומית. תכנית הסברה חינוכית זו מחזקת את המודעות של התלמידים לצורך בשימור לגונה סן איגנסיו ומשאביה הימיים החיים עבור הדורות הבאים.
חוקרי LSIESP מארחים סדנאות קהילתיות שנתיות ("מפגשים חוזרים") כדי לסקור ממצאים מדעיים ולספק פורום ציבורי לחילופי מידע על הלגונה והפעילויות האנושיות המשפיעות עליה. משתתפי הסדנה כוללים מומחי נושאים, נציגי רשויות רגולטוריות ממשלתיות, מפעילי תיירות אקולוגית, תושבים מקומיים, ארגוני סביבה לא ממשלתיים, תלמידים ומדריכים מבתי ספר מקומיים וציבור מתעניינים. ממצאי התוכנית מופצים באמצעות אתר האינטרנט (www.lsiecosystem.org), במאמרים שפורסמו בביקורת עמיתים, בתקשורת המקומית, במפגשים מדעיים מקצועיים ובפרסומים מקומיים.