Научната програма Лагуна Сан Игнасио (LSIESP) го истражува еколошкиот статус на лагуната и нејзините живи морски ресурси и обезбедува информации засновани на наука кои се релевантни за прашањата и грижите за управувањето со ресурсите за развојот, еко-туризмот и одржливоста на лагунскиот екосистем како одржливо живеалиште за морскиот див свет. Програмата ги следи сивите китови кои ја посетуваат лагуната секоја зима, лагуната и нејзиниот див свет како цел систем меѓусебно поврзан. LSIESP ја поттикнува социјалната свест, образованието и учеството на заедницата во зачувувањето на оваа морска заштитена област, промовира човечки активности и алтернативи кои се во рамнотежа со природните компоненти на регионот и кои ги препознаваат потребите на локалната заедница.
Програмата им нуди на дипломираните студенти можности да учествуваат во применети теренски истражувања за дивиот свет и да научат вештини кои ќе им служат во нивните кариери како научници за зачувување на дивиот свет. Како што е соодветно, програмата формира партнерства и соработки со други групи и организации за зачувување и управување со дивиот свет кои истражуваат различни аспекти на морската заштитена област Лагуна Сан Игнасио. Истражувачите на LSIESP обезбедуваат презентации во училницата во локалните училишта и активности за учење „постојани“ предводени од истражувачите на LSIESP за дивиот свет на лагуната и неговото значење како крајбрежен ресурс за морскиот свет и локалната економија. Оваа програма за едукација ја зајакнува свеста на учениците за потребата да се зачува Лагуна Сан Игнасио и нејзините живи морски ресурси за идните генерации.
Истражувачите на LSIESP се домаќини на годишни работилници во заедницата („Повторни обединувања“) за да ги прегледаат научните наоди и да обезбедат јавен форум за размена на информации за лагуната и човечките активности кои влијаат на неа. Учесниците на работилницата вклучуваат предметни експерти, претставници на владини регулаторни агенции, еко-туристички оператори, локални жители, невладини еколошки организации, ученици и инструктори од локалните училишта и заинтересирана јавност. Наодите од програмата се дистрибуираат преку интернет-страницата (www.lsiecosystem.org), во рецензирани објавени статии, во локалните медиуми, на стручни научни состаноци и во локални публикации.