Program Sains Laguna San Ignacio (LSIESP) menyiasat status ekologi lagun dan sumber marin hidupannya, dan menyediakan maklumat berasaskan sains yang berkaitan dengan persoalan pengurusan sumber dan kebimbangan mengenai pembangunan, eko-pelancongan dan kemampanan ekosistem lagun sebagai habitat yang berdaya maju untuk hidupan liar marin. Program ini memantau paus kelabu yang melawat lagun setiap musim sejuk, lagun, dan hidupan liarnya sebagai keseluruhan sistem yang saling berkaitan. LSIESP menggalakkan kesedaran sosial, pendidikan dan penyertaan masyarakat dalam pemuliharaan kawasan perlindungan marin ini, menggalakkan aktiviti manusia dan alternatif yang seimbang dengan komponen semula jadi di rantau ini, dan yang mengiktiraf keperluan masyarakat setempat.
Program ini memberi peluang kepada pelajar siswazah untuk mengambil bahagian dalam penyelidikan lapangan hidupan liar gunaan dan mempelajari kemahiran yang akan membantu mereka dalam kerjaya mereka sebagai saintis pemuliharaan hidupan liar. Mengikut kesesuaian, program ini membentuk perkongsian dan kerjasama dengan kumpulan dan organisasi pengurusan pemuliharaan dan hidupan liar lain yang menyiasat pelbagai aspek kawasan perlindungan marin Laguna San Ignacio. Penyelidik LSIESP menyediakan pembentangan bilik darjah di sekolah tempatan dan aktiviti pembelajaran "hands on" yang diketuai oleh penyelidik LSIESP tentang hidupan liar lagun dan kepentingannya sebagai sumber pantai untuk hidupan marin dan ekonomi tempatan. Program jangkauan pendidikan ini mengukuhkan kesedaran pelajar tentang keperluan untuk memulihara Laguna San Ignacio dan sumber marin hidup untuk generasi akan datang.
Penyelidik LSIESP menganjurkan bengkel komuniti tahunan (“Reunions”) untuk menyemak penemuan saintifik dan menyediakan forum awam untuk pertukaran maklumat mengenai lagun dan aktiviti manusia yang mempengaruhinya. Peserta bengkel termasuk pakar mata pelajaran, wakil agensi kawal selia kerajaan, pengendali eko-pelancongan, penduduk tempatan, pertubuhan alam sekitar bukan kerajaan, pelajar dan pengajar dari sekolah tempatan, dan orang ramai yang berminat. Penemuan program diedarkan melalui Laman Web internet (www.lsiecosystem.org), dalam artikel yang diterbitkan semakan rakan sebaya, dalam media tempatan, pada mesyuarat saintifik profesional, dan dalam penerbitan tempatan.