Programul științific Laguna San Ignacio (LSIESP) investighează starea ecologică a lagunei și a resurselor marine vii ale acesteia și oferă informații bazate pe știință care sunt relevante pentru întrebările și preocupările legate de managementul resurselor cu privire la dezvoltare, ecoturism și sustenabilitatea ecosistemului lagunei, ca un habitat viabil pentru fauna marina. Programul monitorizează balenele cenușii care vizitează laguna în fiecare iarnă, laguna și fauna sălbatică ca un întreg sistem interdependent. LSIESP încurajează conștientizarea socială, educația și participarea comunității în conservarea acestei arii marine protejate, promovează activități umane și alternative care sunt în echilibru cu componentele naturale ale regiunii și care recunosc nevoile comunității locale.
Programul oferă studenților absolvenți oportunități de a participa la cercetări aplicate pe terenul faunei sălbatice și de a învăța abilități care îi vor servi în cariera lor ca oameni de știință în conservarea faunei sălbatice. După caz, programul formează parteneriate și colaborări cu alte grupuri și organizații de conservare și management al faunei sălbatice care investighează diferite aspecte ale ariei marine protejate Laguna San Ignacio. Cercetătorii LSIESP oferă prezentări în clasă la școlile locale și activități de învățare „practice” conduse de cercetătorii LSIESP despre fauna sălbatică a lagunei și semnificația acesteia ca resursă de coastă pentru viața marină și economia locală. Acest program educațional de sensibilizare întărește conștientizarea studenților cu privire la necesitatea de a conserva Laguna San Ignacio și resursele sale marine vii pentru generațiile viitoare.
Cercetătorii LSIESP găzduiesc ateliere comunitare anuale („Reuniuni”) pentru a revizui descoperirile științifice și pentru a oferi un forum public pentru schimbul de informații despre lagună și activitățile umane care o afectează. Participanții la atelier includ experți în subiecte, reprezentanți ai agențiilor guvernamentale de reglementare, operatori de eco-turism, rezidenți locali, organizații non-guvernamentale de mediu, studenți și instructori din școlile locale și public interesat. Rezultatele programului sunt distribuite prin intermediul site-ului web (www.lsiecosystem.org), în articole publicate evaluate de colegi, în mass-media locală, la întâlniri științifice profesionale și în publicații locale.