Vedecký program Laguna San Ignacio (LSIESP) skúma ekologický stav lagúny a jej živých morských zdrojov a poskytuje vedecky podložené informácie, ktoré sú relevantné pre otázky manažmentu zdrojov a obavy týkajúce sa rozvoja, ekoturizmu a udržateľnosti ekosystému lagúny. životaschopný biotop pre morskú zver. Program monitoruje sivé veľryby, ktoré každú zimu navštívia lagúnu, lagúnu a jej divokú zver ako celý vzájomne prepojený systém. LSISP podporuje sociálne povedomie, vzdelávanie a účasť komunity na ochrane tejto chránenej morskej oblasti, podporuje ľudské aktivity a alternatívy, ktoré sú v rovnováhe s prírodnými zložkami regiónu a ktoré uznávajú potreby miestnej komunity.
Program poskytuje postgraduálnym študentom príležitosti zúčastniť sa na aplikovanom terénnom výskume voľne žijúcich živočíchov a naučiť sa zručnosti, ktoré im poslúžia v ich kariére ako vedcov v oblasti ochrany voľne žijúcich živočíchov. V prípade potreby program vytvára partnerstvá a spoluprácu s inými skupinami a organizáciami na ochranu prírody a manažmentu voľne žijúcich živočíchov, ktoré skúmajú rôzne aspekty chránenej morskej oblasti Laguna San Ignacio. Výskumní pracovníci LSIESP poskytujú prezentácie v triedach na miestnych školách a „praktické“ vzdelávacie aktivity vedené výskumníkmi LSIESP o divočine v lagúne a jej význame ako pobrežného zdroja pre morský život a miestnu ekonomiku. Tento vzdelávací program posilňuje povedomie študentov o potrebe zachovať Lagunu San Ignacio a jej živé morské zdroje pre budúce generácie.
Výskumní pracovníci LSIESP organizujú každoročné komunitné workshopy („Reunions“) s cieľom preskúmať vedecké poznatky a poskytnúť verejné fórum na výmenu informácií o lagúne a ľudských aktivitách, ktoré ju ovplyvňujú. Účastníkmi workshopu sú odborní pracovníci, zástupcovia vládnych regulačných úradov, prevádzkovatelia ekoturizmu, miestni obyvatelia, mimovládne environmentálne organizácie, študenti a inštruktori z miestnych škôl a zainteresovaná verejnosť. Výsledky programu sú distribuované prostredníctvom internetovej stránky (www.lsiecosystem.org), v recenzovaných publikovaných článkoch, v miestnych médiách, na odborných vedeckých stretnutiach a v miestnych publikáciách.