Znanstveni program Laguna San Ignacio (LSIESP) raziskuje ekološko stanje lagune in njenih živih morskih virov ter zagotavlja znanstveno utemeljene informacije, ki so pomembne za vprašanja upravljanja virov in skrbi glede razvoja, eko-turizma in trajnosti lagunskega ekosistema kot preživetju uspešen habitat za morske prostoživeče živali. Program spremlja sive kite, ki vsako zimo obiščejo laguno, laguno in njene divje živali kot celoten medsebojno povezan sistem. LSIESP spodbuja družbeno ozaveščenost, izobraževanje in sodelovanje skupnosti pri ohranjanju tega morskega zavarovanega območja, spodbuja človekove dejavnosti in alternative, ki so v ravnovesju z naravnimi sestavinami regije in ki priznavajo potrebe lokalne skupnosti.
Program nudi podiplomskim študentom priložnosti za sodelovanje pri uporabnih terenskih raziskavah prostoživečih živali in učenje veščin, ki jim bodo služile v njihovi karieri kot znanstveniki za ohranjanje prostoživečih živali. Po potrebi program oblikuje partnerstva in sodelovanja z drugimi skupinami in organizacijami za ohranjanje in upravljanje prostoživečih živali, ki raziskujejo različne vidike zaščitenega morskega območja Laguna San Ignacio. Raziskovalci LSIESP nudijo predstavitve v učilnicah v lokalnih šolah in »praktične« učne dejavnosti, ki jih vodijo raziskovalci LSIESP o divjih živalih lagune in njihovem pomenu kot obalnega vira za morsko življenje in lokalno gospodarstvo. Ta izobraževalni program krepi zavest študentov o potrebi po ohranitvi Lagune San Ignacio in njenih živih morskih virov za prihodnje generacije.
Raziskovalci LSIESP gostijo letne skupnostne delavnice (»reunions«), da pregledajo znanstvene ugotovitve in zagotovijo javni forum za izmenjavo informacij o laguni in človeških dejavnostih, ki vplivajo nanjo. Udeleženci delavnice so predmetni strokovnjaki, predstavniki vladnih regulativnih agencij, izvajalci ekoturizma, lokalni prebivalci, nevladne okoljevarstvene organizacije, dijaki in inštruktorji lokalnih šol ter zainteresirana javnost. Ugotovitve programa so objavljene preko internetne strani (www.lsiecosystem.org), v recenziranih objavljenih člankih, v lokalnih medijih, na strokovnih znanstvenih srečanjih in v lokalnih publikacijah.