Научни програм Лагуна Сан Игнацио (ЛСИЕСП) истражује еколошки статус лагуне и њених живих морских ресурса и пружа научне информације које су релевантне за питања управљања ресурсима и забринутост у вези са развојем, еко-туризмом и одрживошћу екосистема лагуне као одрживо станиште за морске дивље животиње. Програм прати сиве китове који посећују лагуну сваке зиме, лагуну и њену дивљину као цео међусобно повезани систем. ЛСИЕСП подстиче друштвену свест, образовање и учешће заједнице у очувању овог заштићеног морског подручја, промовише људске активности и алтернативе које су у равнотежи са природним компонентама региона и које препознају потребе локалне заједнице.
Програм пружа могућности дипломираним студентима да учествују у примењеним теренским истраживањима дивљих животиња и да науче вештине које ће им послужити у каријери као научници за очување дивљих животиња. Према потреби, програм формира партнерства и сарадњу са другим групама за очување и управљање дивљим животињама и организацијама које истражују различите аспекте заштићеног морског подручја Лагуна Сан Игнацио. Истраживачи ЛСИЕСП-а пружају презентације у учионици у локалним школама и „практичне“ активности учења које воде истраживачи ЛСИЕСП-а о дивљини у лагуни и њеном значају као обалском ресурсу за морски живот и локалну економију. Овај образовни програм јача свест ученика о потреби очувања Лагуне Сан Игнацио и њених живих морских ресурса за будуће генерације.
Истраживачи ЛСИЕСП-а организују годишње радионице заједнице („Реунионс“) како би прегледали научна открића и обезбедили јавни форум за размену информација о лагуни и људским активностима које на њу утичу. Учесници радионице су предметни стручњаци, представници државних регулаторних агенција, оператера еко туризма, локално становништво, невладине еколошке организације, ученици и инструктори из локалних школа, као и заинтересована јавност. Налази програма се дистрибуирају путем интернет странице (ввв.лсиецосистем.орг), у рецензираним објављеним чланцима, у локалним медијима, на стручним научним скуповима иу локалним публикацијама.