Ang Laguna San Ignacio Science Program (LSIESP) ay nag-iimbestiga sa ekolohikal na katayuan ng lagoon at ang buhay na yamang dagat nito, at nagbibigay ng impormasyong nakabatay sa agham na may kaugnayan sa mga katanungan at alalahanin sa pamamahala ng mapagkukunan tungkol sa pag-unlad, eco-tourism at ang sustainability ng ecosystem ng lagoon bilang isang mabubuhay na tirahan para sa marine wildlife. Sinusubaybayan ng programa ang mga grey whale na bumibisita sa lagoon tuwing taglamig, sa lagoon, at sa wildlife nito bilang isang buong inter-related system. Hinihikayat ng LSIESP ang kamalayan sa lipunan, edukasyon at pakikilahok ng komunidad sa konserbasyon ng marine protected area na ito, nagtataguyod ng mga aktibidad ng tao at mga alternatibo na balanse sa mga natural na bahagi ng rehiyon, at kumikilala sa mga pangangailangan ng lokal na komunidad.
Ang programa ay nagbibigay ng mga pagkakataon sa mga mag-aaral na nagtapos na lumahok sa inilapat na pananaliksik sa larangan ng wildlife at upang matuto ng mga kasanayan na magsisilbi sa kanila sa kanilang mga karera bilang mga siyentipiko sa konserbasyon ng wildlife. Kung naaangkop, ang programa ay bumubuo ng mga pakikipagtulungan at pakikipagtulungan sa iba pang mga grupo ng konserbasyon at pamamahala ng wildlife at mga organisasyon na nag-iimbestiga sa iba't ibang aspeto ng lugar na protektado ng dagat ng Laguna San Ignacio. Ang mga mananaliksik ng LSIESP ay nagbibigay ng mga presentasyon sa silid-aralan sa mga lokal na paaralan at "hands on" na mga aktibidad sa pag-aaral na pinangungunahan ng mga mananaliksik ng LSIESP sa wildlife ng lagoon at ang kahalagahan nito bilang isang mapagkukunan sa baybayin para sa buhay dagat at lokal na ekonomiya. Ang educational outreach program na ito ay nagpapatibay sa kamalayan ng mga mag-aaral sa pangangailangang pangalagaan ang Laguna San Ignacio at ang nabubuhay nitong yamang dagat para sa mga susunod na henerasyon.
Ang mga mananaliksik ng LSIESP ay nagho-host ng taunang mga workshop sa komunidad (“Reunions”) upang suriin ang mga natuklasang siyentipiko at magbigay ng pampublikong forum para sa pagpapalitan ng impormasyon sa lagoon at mga aktibidad ng tao na nakakaapekto dito. Kasama sa mga kalahok sa workshop ang mga eksperto sa paksa, mga kinatawan ng mga ahensya ng regulasyon ng gobyerno, mga eco-tourism operator, mga lokal na residente, mga non-government environmental organizations, mga mag-aaral at instructor mula sa mga lokal na paaralan, at mga interesadong publiko. Ang mga natuklasan ng programa ay ipinamamahagi sa pamamagitan ng Internet Website (www.lsiecosystem.org), sa mga na-publish na artikulo na sinuri ng mga kasamahan, sa lokal na media, sa mga propesyonal na pang-agham na pagpupulong, at sa mga lokal na publikasyon.