Наукова програма Laguna San Ignacio (LSIESP) досліджує екологічний стан лагуни та її живих морських ресурсів і надає науково обґрунтовану інформацію, яка має відношення до питань управління ресурсами та проблем щодо розвитку, екотуризму та сталості екосистеми лагуни як життєздатне середовище проживання морської дикої природи. Програма спостерігає за сірими китами, які відвідують лагуну щозими, за лагуною та її дикою природою як за цілою взаємопов’язаною системою. LSIESP заохочує соціальну обізнаність, освіту та участь громади в збереженні цієї морської заповідної території, сприяє людській діяльності та альтернативам, які збалансовані з природними компонентами регіону та визнають потреби місцевої громади.
Програма надає аспірантам можливість брати участь у прикладних польових дослідженнях дикої природи та вивчати навички, які допоможуть їм у їхній кар’єрі вчених із збереження дикої природи. У відповідних випадках програма налагоджує партнерські відносини та співпрацю з іншими групами та організаціями з охорони та управління дикою природою, які досліджують різні аспекти морської заповідної території Лагуна Сан Ігнасіо. Дослідники LSIESP проводять презентації в класі в місцевих школах і проводять практичні навчальні заходи під керівництвом дослідників LSIESP щодо дикої природи лагуни та її значення як прибережного ресурсу для морського життя та місцевої економіки. Ця освітня програма зміцнює усвідомлення студентами необхідності збереження Лагуни Сан-Ігнасіо та її живих морських ресурсів для майбутніх поколінь.
Дослідники LSIESP проводять щорічні громадські семінари («Реюніони»), щоб переглянути наукові висновки та створити публічний форум для обміну інформацією про лагуну та людську діяльність, яка на неї впливає. Серед учасників семінару – експерти з предметів, представники державних контролюючих органів, оператори екотуризму, місцеві жителі, неурядові екологічні організації, учні та вчителі місцевих шкіл, зацікавлена громадськість. Результати програми поширюються через Інтернет-сайт (www.lsiecosystem.org), у рецензованих опублікованих статтях, у місцевих ЗМІ, на професійних наукових зустрічах та в місцевих виданнях.