Chương trình Khoa học Laguna San Ignacio (LSIESP) điều tra tình trạng sinh thái của đầm phá và các nguồn tài nguyên biển sống của nó, đồng thời cung cấp thông tin dựa trên cơ sở khoa học có liên quan đến các câu hỏi và mối quan tâm về quản lý tài nguyên về phát triển, du lịch sinh thái và tính bền vững của hệ sinh thái đầm phá như một môi trường sống khả thi cho động vật hoang dã biển. Chương trình giám sát những con cá voi xám đến thăm đầm phá mỗi mùa đông, đầm phá và động vật hoang dã của nó như một hệ thống toàn bộ liên quan đến nhau. LSIESP khuyến khích nhận thức xã hội, giáo dục và sự tham gia của cộng đồng trong việc bảo tồn khu bảo tồn biển này, thúc đẩy các hoạt động của con người và các giải pháp thay thế cân bằng với các thành phần tự nhiên của khu vực và nhận ra nhu cầu của cộng đồng địa phương.
Chương trình cung cấp cho sinh viên sau đại học cơ hội tham gia nghiên cứu lĩnh vực động vật hoang dã ứng dụng và học các kỹ năng sẽ phục vụ họ trong sự nghiệp với tư cách là nhà khoa học bảo tồn động vật hoang dã. Khi thích hợp, chương trình hình thành quan hệ đối tác và hợp tác với các nhóm và tổ chức quản lý động vật hoang dã và bảo tồn khác điều tra các khía cạnh khác nhau của khu bảo tồn biển Laguna San Ignacio. Các nhà nghiên cứu của LSISP cung cấp các bài thuyết trình trong lớp học tại các trường học địa phương và các hoạt động học tập “thực hành” do các nhà nghiên cứu của LSISP hướng dẫn về động vật hoang dã của đầm phá và tầm quan trọng của nó với tư cách là nguồn tài nguyên ven biển đối với sinh vật biển và nền kinh tế địa phương. Chương trình tiếp cận giáo dục này củng cố nhận thức của học sinh về sự cần thiết phải bảo tồn Laguna San Ignacio và các nguồn tài nguyên biển sống của nó cho các thế hệ tương lai.
Các nhà nghiên cứu của LIESP tổ chức các hội thảo cộng đồng hàng năm (“Reunions”) để xem xét các phát hiện khoa học và cung cấp một diễn đàn công cộng để trao đổi thông tin về đầm phá và các hoạt động của con người ảnh hưởng đến nó. Những người tham gia hội thảo bao gồm các chuyên gia về chủ đề, đại diện của các cơ quan quản lý của chính phủ, các nhà điều hành du lịch sinh thái, cư dân địa phương, các tổ chức môi trường phi chính phủ, sinh viên và giảng viên từ các trường học địa phương và công chúng quan tâm. Các phát hiện của chương trình được phân phối qua trang web internet (www.lsiecosystem.org), trong các bài báo đã xuất bản được bình duyệt, trên các phương tiện truyền thông địa phương, tại các cuộc họp khoa học chuyên nghiệp và trong các ấn phẩm địa phương.