El Programa de Ciencias de la Laguna San Ignacio (LSIESP) investiga el estado ecológico de la laguna y sus recursos marinos vivos, y proporciona información con base científica que es relevante para las cuestiones de gestión de recursos y las preocupaciones sobre el desarrollo, el ecoturismo y la sostenibilidad del ecosistema de la laguna como un hábitat viable para la fauna marina. El programa monitorea las ballenas grises que visitan la laguna cada invierno, la laguna y su vida silvestre como un sistema interrelacionado completo. LSIESP fomenta la conciencia social, la educación y la participación comunitaria en la conservación de esta área marina protegida, promueve actividades humanas y alternativas que estén en equilibrio con los componentes naturales de la región, y que reconozcan las necesidades de la comunidad local.
El programa brinda a los estudiantes de posgrado oportunidades para participar en investigaciones de campo aplicadas a la vida silvestre y aprender habilidades que les servirán en sus carreras como científicos de conservación de la vida silvestre. Según corresponda, el programa forma asociaciones y colaboraciones con otros grupos y organizaciones de conservación y manejo de la vida silvestre que investigan varios aspectos del área marina protegida Laguna San Ignacio. Los investigadores de LSIESP brindan presentaciones en las aulas de las escuelas locales y actividades de aprendizaje "prácticas" dirigidas por investigadores de LSIESP sobre la vida silvestre de la laguna y su importancia como recurso costero para la vida marina y la economía local. Este programa de extensión educativa fortalece la conciencia de los estudiantes sobre la necesidad de conservar la Laguna San Ignacio y sus recursos marinos vivos para las generaciones futuras.
Los investigadores de LSIESP organizan talleres comunitarios anuales ("Reuniones") para revisar los hallazgos científicos y proporcionar un foro público para el intercambio de información sobre la laguna y las actividades humanas que la afectan. Los participantes del taller incluyen expertos en la materia, representantes de agencias reguladoras gubernamentales, operadores de ecoturismo, residentes locales, organizaciones ambientales no gubernamentales, estudiantes e instructores de escuelas locales y público interesado. Los hallazgos del programa se distribuyen a través del sitio web de Internet (www.lsiecosystem.org), en artículos publicados revisados por pares, en los medios locales, en reuniones científicas profesionales y en publicaciones locales.