Laguna San Ignacio Science Program (LSIESP) tutkii laguunin ja sen elävien meren luonnonvarojen ekologista tilaa ja tarjoaa tieteeseen perustuvaa tietoa, joka on olennaista luonnonvarojen hallintaan liittyvissä kysymyksissä ja huolenaiheissa, jotka koskevat kehitystä, ekomatkailua ja laguunin ekosysteemin kestävyyttä. elinkelpoinen elinympäristö meren villieläimille. Ohjelma seuraa laguunissa joka talvi vierailevia harmaavalaita, laguunia ja sen luontoa kokonaisena toisiinsa liittyvänä järjestelmänä. LSIESP kannustaa sosiaalista tietoisuutta, koulutusta ja yhteisön osallistumista tämän merensuojelualueen suojeluun, edistää ihmisen toimintaa ja vaihtoehtoja, jotka ovat tasapainossa alueen luonnollisten osien kanssa ja tunnistavat paikallisyhteisön tarpeet.
Ohjelma tarjoaa jatko-opiskelijoille mahdollisuuden osallistua soveltavaan villieläinten kenttätutkimukseen ja oppia taitoja, jotka palvelevat heitä heidän urallaan villieläinten suojelututkijoina. Tarvittaessa ohjelma muodostaa kumppanuuksia ja yhteistyötä muiden suojelu- ja villieläinten hoitoryhmien ja organisaatioiden kanssa, jotka tutkivat Laguna San Ignacion merensuojelualueen eri näkökohtia. LSIESP-tutkijat tarjoavat luokkahuoneesityksiä paikallisissa kouluissa ja LSIESP-tutkijoiden johtamia "hand on" -oppimisaktiviteetteja, jotka käsittelevät laguunin villieläimiä ja sen merkitystä rannikon luonnonvarana meren eliöstölle ja paikalliselle taloudelle. Tämä koulutusohjelma vahvistaa opiskelijoiden tietoisuutta tarpeesta säilyttää Laguna San Ignacio ja sen elävät meren luonnonvarat tulevia sukupolvia varten.
LSIESP-tutkijat isännöivät vuosittain yhteisötyöpajoja ("Reunions"), joissa tarkastellaan tieteellisiä löytöjä ja tarjotaan julkinen foorumi tiedon vaihtoon laguunista ja siihen vaikuttavasta ihmisen toiminnasta. Työpajaan osallistuu alan asiantuntijoita, viranomaisten edustajia, ekomatkailun toimijoita, paikallisia asukkaita, kansalaisjärjestöjä, paikallisten koulujen opiskelijoita ja ohjaajia sekä kiinnostuneita yleisöjä. Ohjelman tuloksia jaetaan Internet-sivuston (www.lsiecosystem.org) kautta, vertaisarvioituina julkaistuissa artikkeleissa, paikallisessa mediassa, ammatillisissa tieteellisissä kokouksissa ja paikallisissa julkaisuissa.