Laguna San Ignacio Science Program (LSIESP) undersøker den økologiske statusen til lagunen og dens levende marine ressurser, og gir vitenskapsbasert informasjon som er relevant for ressursforvaltningsspørsmål og bekymringer om utvikling, økoturisme og bærekraften til lagunens økosystem som et levedyktig habitat for marint dyreliv. Programmet overvåker gråhvalene som besøker lagunen hver vinter, lagunen og dens dyreliv som et helt sammenhengende system. LSIESP oppmuntrer sosial bevissthet, utdanning og samfunnsdeltakelse i bevaringen av dette marine beskyttede området, fremmer menneskelige aktiviteter og alternativer som er i balanse med de naturlige komponentene i regionen, og som anerkjenner behovene til lokalsamfunnet.
Programmet gir doktorgradsstudenter muligheter til å delta i anvendt dyrelivsfeltforskning og å lære ferdigheter som vil tjene dem i deres karrierer som naturvernforskere. Når det er hensiktsmessig, danner programmet partnerskap og samarbeid med andre bevarings- og dyrelivsforvaltningsgrupper og organisasjoner som undersøker ulike aspekter av det marine beskyttede området Laguna San Ignacio. LSIESP-forskere gir klasseromspresentasjoner på lokale skoler og "hands on" læringsaktiviteter ledet av LSIESP-forskere om lagunens dyreliv og dens betydning som en kystressurs for livet i havet og den lokale økonomien. Dette pedagogiske oppsøkende programmet styrker studentenes bevissthet om behovet for å bevare Laguna San Ignacio og dens levende marine ressurser for fremtidige generasjoner.
LSIESP-forskere arrangerer årlige samfunnsverksteder ("Reunions") for å gjennomgå vitenskapelige funn og gi et offentlig forum for utveksling av informasjon om lagunen og menneskelige aktiviteter som påvirker den. Workshop-deltakerne inkluderer fageksperter, representanter for offentlige reguleringsorganer, øko-turismeoperatører, lokale innbyggere, ikke-statlige miljøorganisasjoner, studenter og instruktører fra lokale skoler og interessert publikum. Programfunn distribueres via Internett-nettstedet (www.lsiecosystem.org), i fagfellevurderte publiserte artikler, i lokale medier, på profesjonelle vitenskapelige møter og i lokale publikasjoner.