Program naukowy Laguna San Ignacio (LSIESP) bada stan ekologiczny laguny i jej żywych zasobów morskich oraz dostarcza informacji naukowych, które są istotne dla kwestii zarządzania zasobami i obaw dotyczących rozwoju, ekoturystyki i zrównoważonego rozwoju ekosystemu laguny jako żywotne siedlisko dla morskiej fauny i flory. Program monitoruje wieloryby szare, które odwiedzają lagunę każdej zimy, lagunę i jej dziką przyrodę jako cały wzajemnie powiązany system. LSIESP zachęca do świadomości społecznej, edukacji i udziału społeczności w ochronie tego morskiego obszaru chronionego, promuje działania człowieka i alternatywy, które są w równowadze z naturalnymi składnikami regionu i które uwzględniają potrzeby lokalnej społeczności.
Program zapewnia absolwentom możliwość uczestniczenia w stosowanych badaniach terenowych dzikiej przyrody i uczenia się umiejętności, które będą im służyć w ich karierze jako naukowcy zajmujący się ochroną przyrody. W stosownych przypadkach program tworzy partnerstwa i współpracę z innymi grupami i organizacjami zajmującymi się ochroną przyrody i zarządzaniem dziką przyrodą, badającymi różne aspekty morskiego obszaru chronionego Laguna San Ignacio. Badacze LSIESP prowadzą prezentacje klasowe w lokalnych szkołach oraz praktyczne zajęcia edukacyjne prowadzone przez naukowców LSIESP na temat dzikiej przyrody laguny i jej znaczenia jako przybrzeżnego zasobu dla życia morskiego i lokalnej gospodarki. Ten edukacyjny program informacyjny wzmacnia świadomość uczniów na temat potrzeby zachowania Laguna San Ignacio i jej żywych zasobów morskich dla przyszłych pokoleń.
Badacze LSIESP organizują coroczne warsztaty społeczności („Zjazdy”) w celu przeglądu odkryć naukowych i stworzenia publicznego forum wymiany informacji na temat laguny i działalności człowieka, która ma na nią wpływ. Wśród uczestników warsztatów są znawcy tematu, przedstawiciele rządowych agencji regulacyjnych, operatorzy ekoturystyki, lokalni mieszkańcy, pozarządowe organizacje ekologiczne, studenci i instruktorzy z lokalnych szkół oraz zainteresowana publiczność. Wyniki programu są rozpowszechniane za pośrednictwem strony internetowej (www.lsiecosystem.org), w recenzowanych artykułach opublikowanych, w lokalnych mediach, na profesjonalnych spotkaniach naukowych oraz w lokalnych publikacjach.